El presupuesto anual del FNDR lo distribuye la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo, asignándose un 90% entre las regiones de acuerdo a ciertos indicadores (población, desempleo, crecimiento, etc.) y el 10% restante se asigna a las regiones considerando los parámetros de eficiencia y eficacia en relación al gasto que han tenido de este fondo en los años anteriores.